V srpnu 1921 na sjezdu delegátů náboženských obcí bylo rozhodnuto o územně-administrativním rozdělení mladé ČSR na tři diecéze Církve československé – a to na západočeskou se sídlem v Praze, východočeskou se sídlem v Hradci Králové a moravskou se sídlem v Olomouci. Náboženské obce vzniklé na území Slovenska a Zakarpatské Ukrajiny spadaly pod správu moravské diecéze. Prvním moravským biskupem byl na diecézním shromáždění ještě v témže roce 1921 zvolen dřívější kroměřížský kaplan Matěj Pavlík. Pavlíkova orientace na pravoslaví, která vyústila v přijetí biskupského svěcení od Srbské pravoslavné církve, byla trnem v oku zejména věřícím a kněžím v severních oblastech Moravy. Tamější radvanický farář Ferdinand Stibor, který byl nejvýraznější osobností ve zmíněném regionu, proto usiloval o vymanění se z vlivu olomouckého biskupa.

Po jednáních s Ústřední radou CČSH v Praze a na její doporučení došlo v roce 1922 k ustavení nové samostatné ostravské diecéze se svým centrem v Radvanicích, jež je jednou z dnešních ostravských čtvtí. O rok později byl Ferdinand Stibor zvolen jejím prvním biskupem. Matěj Pavlík, užívající od biskupského svěcení nového jména Gorazd, pro spory a nepochopení u svých spolubratrů podporujících ve většině K. Farského, dobrovolně v roce 1924 vystupuje s nemalou částí moravských věřících i farářů z Československé církve a zakládá Pravoslavnou církev. Dočasným správcem moravské diecéze se stal činorodý olomoucký farář ThDr. Rostislav Stejskal, který byl poté v roce 1925 zvolen biskupem. Svůj episkopát nesl až do své předčasné smrti roku 1946 v důsledku vyčerpání během let okupace. Nástupcem byl zvolen ThDr. Bohumír Cigánek. Přes svůj vysoký morální kredit byl v poúnorové éře donucen v roce 1952 ze strany státní diktatury k rezignaci.

V období jeho biskupské služby došlo k přestěhování úřadu diecézní rady i kanceláře biskupa z farních prostor Husova sboru do reprezentativní secesní vily v dnešní Žilinské ulici (tehdy Úřednická ul.). Po biskupu Cigánkovi byl zvolen prof. František Maria Hník, který přešel do hanácké metropole z Husovy bohoslovecké fakulty s vidinou, že se zmenší politický tlak na jeho osobu. S pověstí bývalého vysoce postaveného úředníka a poradce v exilové vládě Dr. Ed. Benešev Londýně byl v novém lidově-demokratickém zřízení pro své dosud živé zahraniční kontakty značně nedůvěryhodnou osobou. Obrovský psychický tlak vytvářený z vnějšku státními úřady i zevnitř nejbližšími církevními spolupracovníky se podepsal na jeho zhoršujícím se zdraví. V roce 1960 odchází do invalidního důchodu. Tragický konec nenechal na sebe dlouho čekat, za smutných okolností psychicky utýrán a vyčerpán umírá Fr. M. Hník na jaře roku 1962 v ústraní, v nevytopeném diecézním bytě. Nástupcem zvolilo diecézní shromáždění Hníkova diecézního tajemníka Leo Marcelucha, a to s požehnáním Státního úřadu pro věci církevní. Ostravská diecéze však existovala paralelně s olomouckou až do roku 1962, kdy končil její poslední biskup Gabriel Chrobáček. Na počátku biskupské služby L.Marcelucha došlo ke správnímu sloučení ostravské a olomoucké diecéze, jedním z důvodů bylo nové členění krajů. Sídlem územně rozrostlé diecéze byla potvrzena Olomouc.

Po letech šikany církevních představitelů státním aparátem nachází Leo Marceluch dveře krajských i okresních výborů otevřené. Ze strany státních institucí byl vnímán pozitivně jako vstřícný a ctižádostivý člověk, přístupný ke komunikaci. L.Marceluch – bývalý hodolanský farář se také těšil oblibě u velké části svých věřících. Jeho episkopát patří v historii olomoucké diecéze k těm nejdelším, až do roku 1988, kdy byl penzionován a poté nadále jako duchovní v důchodu nadále v pastoraci vypomáhal. Na jeho místo usedá farář a redaktor Českého zápasu ThDr. Vlastimil Zítek, jenž se velmi záhy po převzetí úřadu musel vyrovnat se změnou politického kursu a nabytou občanskou i náboženskou svobodou. Rehabilitoval a povolal zpět do služby kněze, kterým byl odňat státní souhlas a zapojil je ihned do duchovní správy. Měl velké plány, jak oslovit mladé hledající lidi a jak opět naplnit sbory. V atmosféře 90. let se mu to do značné míry podařilo. Navázal spolupráci s nizozemskou evangelickou církví v Alkmaaru. Dokázal získat i nemalou finanční pomoc pro věřící postižené povodněmi v roce 1997, a sám se v její koordinaci angažoval. Jistým mezníkem v historii CČSH se stala volba Zítkovynástupkyně Jany Šilerové, farářky z Rychvaldu, historicky první ženy uvedené do biskupského úřadu ve střední Evropě.

Biskupka Jana svou otevřeností a zájmem o veřejné dění, které dokázala v duchu evangelia výstižně glosovat, si vysloužila zájem médií o její názory, komentáře či vyjádření. Její pastorační vliv přerostl nejen půdorys olomoucké diecéze, ale i celé CČSH. Krom jiného byla členkou Rady pro rozhlasové a televizní vysílání, či poradkyní Daniela Hermana v ÚSTR. Za svůj vliv i dlouhodobý přínos pro zlepšení společenského klimatu jí byl v dubnu 2014 Hospodářskou komorou ČR udělen řád platinového Vavřínu. V letech 2013 – 2020 byl v pořadí osmým olomouckým biskupem MUDr.et Mgr.Rudolf Göbel, který spolu s Diecézní radou CČSH v Olomouci v souvislosti s probíhající odlukou církve od státu zahájil provádění nutných organizačních a personálních opatření vedoucích k ekonomické nezávislosti a soběstačnosti olomoucké diecéze. V neděli dne 14. června 2020 se ujal své funkce devátý olomoucký biskup Mgr. Tomáš Chytil, který na tuto náročnou činnost ve spolupráci s členy diecézní rady naváže s využitím svých osobních obdarování, k čemuž mu přejeme Boží požehnání a moudrost od Ducha Svatého.